Хотя изначально психоделический рок был близок к гаражному, к моменту расцвета культуры хиппи на основе поисков гаражных групп уже сформировалась альтернативная музыкальная культура. Одной из наиболее значительных и влиятельных групп 60-х стали Velvet Underground. Их музыка и идеология 1966—1967-х годов была откровенно противоположна идеалам хиппи. Выпущенный мизерным тиражом дебютный альбом группы с тягучими, мрачными песнями и текстами, посвящённым нелицеприятным и «крамольным» для того времени темам, фактически положил начало всему направлению альтернативного рока. На втором альбоме Velvet Underground заложили основы использования нойза и фидбэка в музыке. В дальнейшем группа стала записывать более мягкую музыку, однако успех и признание пришли к ней уже значительно позже. Развивался и рок-авангард, лидером которого, помимо Фрэнка Заппы, стал его друг Captain Beefheart, музыка которого была более приближена к блюз-року. Среди примечательных авангардных артистов — гаражная группа The Fugs. Своебразный вклад в развитие авангардной музыки внесла девичья группа The Shaggs, считающаяся «лучшей из худших групп в истории рока». Развитие гаражного рока, а именно его самого жёсткого направления — прото-панка, привело к появлению в конце 60-х самых агрессивных и тяжёлых его представителей, уже вплотную приблизившихся к панк-року. Это группы «детройтской школы» гаражного рока — MC5 и The Stooges, чьи альбомы были жёсткими, мрачными и открыто противостояли музыкальному мейнстриму. Лидером The Stooges был Игги Поп, позже прославившийся и как сольный артист. Все андерграундные артисты второй половины шестидесятых — Captain Beefheart, MC5, The Stooges, Velvet Underground — оказали огромное влияние на последующее развитие панка и альтернативного рока.