Публика ещё не была в курсе всех деталей и проблем группы, но распад квартета уже начался. Моральный климат внутри группы не способствовал совместному творчеству. Джон и Джордж уже выпустили сольные пластинки и в рамках одного коллектива им становилось всё более тесно. К этому моменту все четверо членов группы были уже семейными людьми и ощущали потребность проводить больше времени с супругой и детьми. Все эти нюансы постепенно вели к распаду. В конце 1968 года Пол чувствуя центробежные настроения, выступил с инициативой возобновить «живые» концерты группы. Музыка, которая объединила в своё время четвёрку, могла возродить былую атмосферу творчества и единомыслия. Джон, Джордж и Ринго не поддержали идею, но, по крайней мере, договорились продолжить совместные репетиции в новом году. В феврале 1969 года менеджером группы стал Алан Клейн, до того успевший поработать с Rolling Stones. В финансовом смысле дела Apple шли очень плохо и компании требовался грамотный управляющий[4]:61. Было начато несколько проектов, но все они были незавершены и не приносили ничего кроме убытков[6][~ 3]. Маккартни считал, что более достойным кандидатом на этот пост был бы отец его будущей жены Линды — Джон Истмен. Леннон был против. В итоге было инициировано судебное разбирательство, в ходе которого Пол предъявил иск Клейну и троим другим членам группы.
Работа над очередным альбомом «Get Back» была заброшена. Планировалось выпустить диск, снять фильм и издать книгу — всё это были попытки Пола оживить группу. Было же выпущено лишь несколько синглов с наиболее удачными песнями. В январе 1969 года в здании Apple Studios прошли сессии звукозаписи и были сняты киноматериалы записи альбома с рабочим названием Get Back.
В ходе сессий было записано большое количество материала, в том числе практически все композиции для следующего альбома Abbey Road и отдельные треки для будущих сольных альбомов Маккартни. Однако, в большинстве своём, записи были не лучшего качества. Музыканты играли в полсилы. Как вспоминал Джон «худшая работа всех времён» (the low of all-time) . Нормальные взаимоотношения осложнялась трениями внутри коллектива и отсутствием современного оборудования в новой студии[. Закончилась всё 30 января импровизированным 40 минутным концертом, который группа дала на крыше здания студии. От имени группы благодарю вас. Надеюсь вы выдержали экзамен. Эти слова Леннона, обращённые к жителям близлежащих домов стали последними словами на последней композиции диска Let it be, который вышел только через 15 месяцев. Подготовленные в ходе работы видео и звуковые материалы остались в полном беспорядке.
В июле-августе 1969 года был записан альбом Abbey Road — последнее творение группы, последняя продюсерская работа Джорджа Мартина и первый альбом полностью записанный в стерео. Произошло то, что биограф группы Левисон назвал счастливым стечением обстоятельств. Забыв о распрях, четвёрка собралась снова и за два месяца записала альбом, который критика признаёт наиболее законченным, как единое по смыслу произведение (наряду с «Сержантом Пеппером»)[47][45]. Особняком стоит 15 минутная музыкальная «эстафета» из перетекающих одна в другую песен написанных Полом на второй стороне диска. Критики также отметили две композиции Джорджа Харрисона «Here Comes the Sun» и «Something» достойно представляющие его как композитора, не уступающего по классу дуэту Леннон-Маккартни. Заключительной песней, которую The Beatles записали все вместе (это было 20 августа), стала «I Want You (She’s So Heavy)».
Обложка альбома Abbey Road. В этом изображении поклонники часто пытались найти скрытый смысл. Например то что битлы на фото уходят от студии расценивалось как знак грядущего распада группы.
В конце 1969 года продолжалась неспешная подготовка американского альбома Hey Jude. Новинок для диска записано не было, но некоторые старые композиции необходимо было перемикшировать и перемонтировать из моно в стерео. Для этих целей отдельно приглашались некоторые музыканты группы. Последней песней группы стала «I Me Mine» Джорджа Харрисона, которую музыканты записывали уже без Леннона 3 января 1970 года. В марте этого же года фонограммы из неудавшегося альбома «Get Back» были отданы американскому продюсеру Филу Спектору, который переработал старые записи, добавил к ним последние песни The Beatles (в том числе «Let It Be» и «I Me Mine») и подготовил к выпуску альбом «Let It Be». Идея пригласить Спектора принадлежала Клейну. Ситуация осложнилась тем, что Пол был недоволен работой Спектора, особенно ему не понравилась версия песни «The Long And Winding Road» (последнего сингла группы) и он даже хотел запретить выпуск альбома, что ему не удалось. Джон, отзывался о том, что «… Фил из доставшейся ему кучи дерьма сделал альбом, который, при всех оговорках, можно слушать. Он прекрасно поработал» ("He was given the shittiest load of badly recorded shit with a lousy feeling to it ever, and he made something out of it. He did a great job.").
Последним событием ускорившим неизбежное стала дата выхода первого сольного альбома Пола. 17 апреля 1970 года Маккартни выпустил диск «McCartney», хотя остальные члены группы просили не торопиться с этим до выхода Let it be. В тот же день Пол распространил текст интервью, ставший формальным сообщением о прекращении совместной деятельности Beatles. Пол лишь констатировал факты давно известные членам группы, но публика сочла Пола виновником распада квартета.
Несмотря на все трудности, «Let It Be», который считается последним «прижизненным» альбомом The Beatles, был выпущен 8 мая 1970 года. 20 мая вышел документальный фильм «Let It Be», но на его премьере ни один из битлов не присутствовал, потому что ансамбля, как такового, уже не существовало. 